《霸王神枪》第720/731页
到了九月，圣门大军攻下信阳、汝宁、光州、息州等地，队伍扩充至十万余人，由于这批人马由五旗令主中的火令令主作为主力，所以最初的徒众是头扎红帕，身穿红衣，打着红旗，所以被称为“红巾”或“红军”。
至正十二年二月，郭子兴、孙德崖等人起兵于濠州，也是仿照红巾军的装东，不过这批人供奉弥勒佛，每夜烧香拜佛，故又被人称之为“香军”，当时，这批起义军队，活跃于江淮之间，黄河两岸，而郭子兴其实亦是月宗子弟，属于月宗一脉，后被升为月宗宗主。
在大元至正十一年八月时，星宗宗主，彭莹玉和徐寿辉、邹普胜、倪文俊等于黄州，蕲州起义，亦称红巾军，并且建立政权，以徐寿辉为皇帝，国号“宗”。
不过到了至正十三年春天，彭莹玉率部和元军激战，结果大败，退入江西饶州及瑞州。
十一月，彭莹玉战死，被俘之将相兵士四百余人，徐寿辉率残兵败率退入沔阳湖中，其中也有一批人藏匿于黄梅山里，准备东山再起。
大元至正十五年二月，刘福通等圣门徒众，迎立韩林儿为帝，称为小明王，确立其明王之位，国号宋，建都于毫州，建元龙凤。
此后三年里，红巾军兵分三路，大举进攻，东路由水旗令主毛贵率领大军，连破山东廖州，莱州，莒州、滨州等地。
中路由上旗及金旗令主率军，首先进击大名府，之后越过太行山，进入山西，攻下潞州、高平、除州等地。
至于西路军则由木旗令主李仲贤率大将白不信进窥关中，攻秦陇一带，不过在进入凤翔时陷入重围，溃败之后，李仲贤聚集旧部，进入蜀境，据成都一地，改扎青巾、自号“青巾军”。
龙凤四年二月，水旗令主毛贵所率之东路军，攻克济南府，大败元军，乘胜挥兵北上，直抵天津，直逼元朝大都北京。
而中路军也发动攻击，直取山西、河北，攻下了元朝的上都。五月间，刘福通率火旗令徒众，统领大军，攻下了汴梁，于是迎来小明王韩林儿，以汴梁为都城。
至此时，中原地区，差不多有三分之二为红巾军所控制，也是圣门势力最盛的时期。
不过，在这段时期里，各地的豪强地主，也趁着元朝的统治势力极度削弱之际，扩展各自的势力范围，割据一方，纷纷成立所谓的义军、乡军、民军。
此后数年中，各地的义军和乡军，为了争夺地盘而争战不休，而红巾军中则是龙蛇混杂，稍具规模之后，便发生内斗，争权夺利之际，圣门开始分裂。
睚十九年八月，最强大的一股元兵部队，由察罕帖木儿统领，在河南、山东连败红巾军，并且攻破龙凤政权的都城汴梁。日宗宗主刘福通于城破前，挟小明王突围，退至安丰一带。
隔年，南方徐寿辉的红巾军发生内讧，倪文俊和徐寿辉不和，率部从汉阳至黄州，结果被部将陈友谅所杀，陈友谅自称汉王，后来杀徐寿辉，在采石王通庙即帝位，国号大汉，改元大义。
由于陈友谅称雄于湖广、江西一带，故而史称“陈汉”。
在陈友谅称雄之时，徐寿辉手下之统兵征虏大元帅明玉珍，于至正十九时六月，击败木旗令主李仲贤所率之青巾军于普州。
至正二十年，明玉珍闻徐寿辉被杀后，遂与陈友谅决裂，次年，下嘉定，平成都，十月自立为蜀王。
到了至正二十二年正月，明王珍在重庆称帝、国号大夏，改元天统，史称“明夏”。
在此之前，郭子兴手下有朱元璋者，原为皇觉寺的行童，后为游方僧，曾托钵求乞于毫州、颖州，信阳、陈州，汝州等地，后来元兵烧毁皇觉寺、朱元璋逼于无奈，投入红巾军，加入圣门，初为步卒，后来被月宗宗主郭子兴看中，将义女马氏嫁给他，渐渐升为红巾军中之镇抚。
至正十五年三月，郭子兴病死，小明王韩林儿在毫州建立龙凤政权，郭子兴余部，派人至毫州受命。
小明王朝林儿确定郭子兴之月宗宗主地位，交由其子郭天叙继任，并将已空出之星宗宗主一位，授与郭子兴的妻弟张天佑。
然而为了摆脱圣门狭隘之帮派宗教色彩，并在军队职务上予以调整，遂任命郭天叙为和州都元帅，张天佑为右副元帅，朱元璋为左副元帅。
龙凤元年七月和九月，郭天叙、张天佑率兵进攻集庆时，两人皆被俘杀，朱元璋收纳两人余部，自认为明教月宗宗主。
龙凤二年的三月间，朱元璋亲率水陆两股大军，攻占集庆，于是改集庆路为应天府。七月，小明王升朱元璋为枢密院同俞，正式承认其月宗宗主之地位，并以其妻马氏为星宗宗主。
此后数年间，朱元璋带领以明教圣门徒众及弥勒教徒众为主要骨干的大军，东征西讨，和陈友谅、张士诚激烈的争夺地盘。
龙凤五年五月，朱元璋升为仪同三司江南等处行中书省左丞相。龙凤六年，当明教圣门及香军的势力扩展到江西之后，复进据湖广、安徽、江浙一带，于是地盘日益扩大。
龙凤七年，朱元璋被小明王封为吴国公。
龙凤九年，北方红巾军主力在安丰战役大败，三位令主战死，朱元璋于是迎小明王至滁州居住。
龙凤十年正月，朱元璋在应天府自立为吴王，史称“西吴”，有别于至正二十三年，张士诚破安丰，杀死日宗宗主刘福通、大败由火旗、土旗、金旗三令令主所率的红巾军之后，自立吴王的“东吴”。
“东吴”早于“西吴”绝三个月，不过要等到龙凤十二年十二月、朱元璋派廖永忠刺死小明王后，才改次年为吴元年，可说“西吴”要比“东吴”晚了两年多，不过就在吴元年九月，朱元璋派大将徐达、常遇春破“东吴”，俘张士诚，押往应天府，不过张士诚自缢而死。
在龙凤九年七月，朱元璋的大军，与陈友谅总舵主十万大军战于鄱阳湖，经多次激战，陈友谅大败。
八月末，陈友谅决定退兵，奔回武昌，于湖口中飞矢而亡，军队约有五万余人投降。
陈友谅之子陈理和部将张定边带着陈友谅尸首，逃回武昌，立刻称帝，改元为德寿。